Um 780 wurde durch die Mönche Baldung (Balduin) und Hrodbert eine Zelle gegründet. 1122 wurde von Erzbischof Konrad I. von Salzburg ein Augustinerchorherrenstift gegründet, das der Heiligen Maria, St. Felicitas und St. Vitalis geweiht war.

 

Das Kloster wurde 1803 im Zuge der Säkularisierung aufgelöst. Die kulturhistorisch bedeutsame, von Domenico Christophero Zuccalli entworfene Kirche wurde Pfarrkirche, das Kloster kam in Privatbesitz. 605 Bücher der Klosterbibliothek erhielt die Universitätsbibliothek in Landshut. 1853 übernahmen Dillinger Franziskanerinnen aus Dillingen an der Donau die Klostergebäude. 1854 wurde die unabhängige Kongregation der Franziskanerinnen von Au am Inn gegründet. Mit einer kurzen Unterbrechung im "Dritten Reich" widmen sich die Franziskanerinnen Erziehung und Bildung. Aus einer 1970 gegründeten Sonderschule hat sich eine heilpädagogische Einrichtung mit Förderschule, Tagesstätte und Heim für geistig- und körperbehinderte Kinder entwickelt. Die Schwestern haben auch in Brasilien Niederlassungen gegründet.

 

Neben dem Kloster befindet sich ein typischer Biergarten. Klosterkirche und Umgebung sind ein beliebtes Ausflugsziel. Mitte November findet jährlich ein großer Töpfermarkt mit ca. 50 Ausstellern statt. Kloster Au ist der Geburtsort der Pädagogin Therese Binsteiner-Bernhart.